המושבה זכרון יעקב נוסדה ביום 6 בדצמבר 1882 בידי עולים חובבי ציון מרומניה והייתה אחת מהמושבות הראשונות של העלייה הראשונה. ראשוני המתיישבים הגיעו מרומניה באוניה "טטיס" שאורגנה על ידי הוועד המרכזי ליישוב ארץ ישראל וסוריה. האוניה יצאה מגאלאץ ביום 25 באוגוסט 1882 ועל סיפונה חמישים משפחות שכללו 228 יהודים. חלקם יצאו ליישב גם את ראש פינה. בהמשך ארגן הוועד עוד שלוש הפלגות בהן יצאו אל ארץ ישראל עוד 120 משפחות שכללו 600 יהודים.

השם שניתן כתחילה היה "זמרין" (שיבוש השם שומרון), כשם הנחלה שנקנתה ובה כפר אריסים ערבי בשם "זמארין", עליה הוקמה המושבה. לעולים לא היה ידע בחקלאות, ולכן בשנת 1883 המושבה נקלעה לקשיים רבים. התושבים פנו לנדיב הידוע, שהסכים לפרוש את חסותו על היישוב. הברון רוטשילד נתן למקום את השם "זכרון יעקב" על שם אביו ג'יימס (יעקב) מאיר רוטשילד, בעת שחנך את בית הכנסת שבנה בלב המושבה.